以物理过程和生物过程相互作用和耦合为核心，研究湖泊生态系统的结构、功能及其时空演替规律，定量研究物理、化学和生物过程对湖泊生态系统的影响及生态系统对其变化的响应和反馈机制。

　　已开展工作：

　　湖泊水动力过程的生态效应；　　　　　　湖泊营养盐循环动力学；
　　浅水湖泊光学特征及生态系统响应；　　　湖泊微食物网结构及其演替动力学；
　　太湖铜绿微囊藻及其附生菌生态学研究；　浅水湖泊水源地水质改善的生态工程技术研究；
　　太湖浮游动物生态学特征研究；　　　　　环太湖河道水文、水质特征及其对太湖的影响；
　　降雨和降尘对太湖营养盐的贡献研究 .